王鑫组织了三次突围，都惨遭失败。
最后，王鑫在绝望中崩溃，自杀身亡。老湘军分裂，一部份在部将李元化的率领下企图突围南下，与曾国藩的大军汇合，但最终被独立骑兵团围堵在野猪沟一带，全军覆没！另一部约两千人在部将张灵武的率领下投降，接受护国军的整编。
1859年1月，田石头在放过鲍超残部南下增援之后，率领第九团乔妆鲍超所部北上，成功骗开守备空虚的南昌城门，南昌守将弃城逃走，留守的两千赣军不战而降。1月中旬，田石头部继续北上与南下的第一师第三团在德安胜利会师，盘踞在赣北的曾国荃集团两万余人龟缩进九江城里，与南康大营的联系被彻底截断。
从1858年11月东征以来，护国军连战连捷，已经成功地歼灭了近三万湘军，其中曾国荃的一万精锐是曾国藩以洋枪洋炮精心武装起来，是精兵中的精兵！论战力，这一万精锐足以抵得上十万湘军的半边天！这一万精锐的覆灭以及曾国荃的被生擒，对曾国藩的打击是毁灭性的！
护国军还趁势攻陷了赣西、赣北的大片地区，曾国藩的湘军被分割成了三块，赣南湘军大本营、赣东的李左集团、以及龟缩于九江城里的曾国荃残部。其中实力最强的南康大本营又陷于派系之争，短时间里，湘军已经再无力对护国军发起主动进攻了，秦汉的东征战略意图基本完成。
但由于仓促东征，许多主力团都补充进了大量新兵，还缺乏基本的战术训练，尤其是步炮协同方面更是不足，护国军最终也付出了惨重的伤亡。刘胜的第二师最为惨烈，在吉水、樟树同时投入战斗的三个主力团基本上都被打残，全师八千余指战员，最终幸存的不足三千人，减员几乎达三分之二，田石头的第三师也伤亡过半，只有秦汉兼任师长的第四师，由于成军不久，在大战中担任预备队，伤亡较小。
据最后统计，不计算蒙虎的第一师，护国军损失兵力达一万人左右，达东征军主力的三分之一弱，军需的消耗也相当惊人，炮弹的库存再次见底，步枪子弹的供应也变得局促起来！秦汉初步计算了一下，东征打到现实，花掉的军费已经超过十万两银子，这还没把阵亡将士的抚恤金计算在内！按平均每名阵亡将士十两银子发放抚恤金，这又是一笔高达十万两银子的巨款。
但从大局考虑，秦汉认为这次东征完全是值得的。
虽然付出了不小的代价，但收获更大！最现实的收获就是打断了曾国藩的脊梁，彻底打掉了湘军对湖广地区的威胁！解除了湖广地区周围最大的隐患。
比这更大的收获，自然就是在实战中成长起来的一大批老兵了！这一战虽然惨烈，却像一场优胜劣汰的淘汰赛，幸存下来的战士都已经称得上是老兵了，在残酷的战火洗礼中，一大批优秀的将士崭露头角，登上了护国军的历史舞台。
其中最让秦汉侧目的就是湘楚军校二期生，原十二团团长张大河，凭借在樟树一战中的出色表现，在战役一结束，就被秦汉破格提拔为第四师的师长。
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